保证安全性是银行存款内部会计控制的首要目标，所以银行存款控制的关键点都与安全性相关。银行存款的关键控制点与现金的关键控制点不同，主要是因为企业办理银行存款业务时会和外部银行发生联系，因此一些关键点包括了银行的有关内容。
(一)收支活动审批控制
把银行存款收支审批点作为关键控制点，其实是同时控制了银行存款的流入和流出，审批权限的合理划分以及对权力的监督是保证银行存款业务顺利开展的前提条件。审批控制是银行存款内部会计控制的第一层次，收支活动的具体执行处于较低的层次。
为了实现审批控制的目标，审批活动具体从以下方面进行：发生银行存款业务活动部门的主管人员应该加强对银行存款事项的审批，审批合格后签章以明确责任；建立具体的审批权限使用规范，确定不同管理人员使用权力的范围、重要程度。
(二)复核控制与现金控制关键点类似，复核控制包括横向和纵向控制两种类型。横向控制主要指主管银行存款业务的会计人员应该审核有关的原始凭证和银行存款结算凭证的内容完整性、程序齐备性、业务活动的合规合法性；还有会计人员应该检查业务活动中银行存款收付金额与原始凭证记录的金额是否相符。纵向控制在财务部门的体现是：专门的稽核人员应该审核银行存款收付记账凭证所附的原始凭证和结算是否完整、计算是否准确，同时还要查看会计核算是否正确；主管会计人员还应该负责考察票据、凭证的处理是否符合有关法规的规定，是否有签发空头支票、外借银行账号的行为，支票的使用、转发、作废是否符合规定，对于作废的支票要做出标记，防止丢失和滥用。
(三)结算环节控制
结算环节控制包括企业内部和外部两个方面，其中外部控制尤其重要。资金的结算标志着企业的经济交易活动的完成，企业大部分经济交易都通过银行存款进行，所以银行存款的结算是关键控制点。
内部结算主要是企业各部门之间资金的转移、分配，特别是实行财务集中管理的企业，内部结算的频率、数额所占比重很大，因此出纳人员在办理收付款结算时应该审核有关的原始凭证、结算合同，审核无误后再办理款项收付；对于结算完成的凭证、票据应该做出标记，盖“收讫”、“付讫”字样。
外部结算控制主要是对企业与银行的资金来往各环节进行控制。企业的银行存款都存放在银行，所有银行存款的存取、结算都要通过银行完成，对银行的结算环节控制能够有效保护存款的安全，防止套取银行存款、出售银行账户和非法转让支票等舞弊行为的出现。具体的措施有：严格贯彻国家有关银行存款使用的规定，制定适应企业自身情况的存款使用程序并贯彻执行；对于执行银行存款业务的人员应该定期轮岗，针对不同银行应该委派不同的业务人员；转账支票和结算凭证必须按编号顺序连续使用，作废的转账支票应盖“作废”戳记；收付款项后应在凭证上加盖“收讫”或“付讫”戳记，非出纳人员不得经管银行存款业务。
(四)记账控制
记账环节的重要性已经在现金控制中作了说明，对于银行存款的记账点控制包括以下方面：出纳人员应该根据银行存款收、付记账凭证登记银行存款日记账，银行存款主管会计应根据收、付凭证登记有关明细账；总账会计登记总分类账银行存款科目，最后各个记账员要在记账凭证、有关单据上签章。登记银行存款账，可以保证银行存款收支业务的可查性，防止或发现结算弊端，及时提供可靠的银行存款核算信息。
(五)对账控制
银行存款对账控制包括的内容非常丰富，既包括账账核对、账证核对，又包括账表、表表核对，把握住对账环节，能够保证银行存款业务会计账务处理的正确和核算资料准确，防止非法的银行存款业务。
企业的财务会计部门应该设计专门的对账程序和对账稽核人员，由非出纳人员逐笔核对银行存款日记账和银行对账单，并编制银行存款余额调节表，调整未达账项和报批出现的错弊；出纳与主管会计还应该在有关人员的监督下核对银行存款日记账和总账金额，并根据核对结果进行相应的处理。
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