内部控制不是万能的，也有它自身的局限性。企业在进行内部控制设计的时候，要考虑到这些问题，留有充分的余地对制度进行改进。
1.成本限制
内部控制要受到成本的限制，需要人力、物力、财力的大力投入。虽然在内部控制的过程中，减少了风险的发生，提高了沟通效率，节省了交易成本和谈判成本，企业的总成本曲线是下降的趋势。但是随着对内部控制的人力、物力、财力投入的增加，对风险点的测试评价，有可能带来企业整体效率的降低，所以企业也有内控成本，随着内部控制体系越来越健全，越来越复杂，内部控制的成本就会越来越高。
企业的成本总体来讲是下降的，但是随着内控成本的上升，在上升和下降的反向作用过程中，找出一个均衡点，就是总成本曲线。很多小的企业不愿意做内部控制，因为管理者对企业的整个业务过程很熟悉，认为没有必要做内部控制，没有必要养那几个闲人，不需要花这个成本。
企业一定要非常清楚地知道，做内部控制是需要成本的，通过这种成本的支出时可以减少更多成本和风险的发生。在内部控制设计的时候就要考虑到成本，这样设计的幅度、广度、深度和复杂的程度就会实事求是，直到降低到与成本对应的均衡点上。
例如，在应收账款的问题上对客户信用进行调查，企业仅对客户进行了跟踪和了解，如果要对客户进行科学的调查，采取规范的控制，就需要跟当地工商部门取得联系，和这个企业的开户银行取得联系，以及跟企业所有的债权人取得联系。这些工作需要花费很多的人力物力，很多企业衡量这个问题的时候就想没必要去花费一大笔钱做这种事情，这就是成本限制的问题。但需要注意的是，有时往往因为企业放弃了对债权人的信用调查，结果反而给企业带来了巨大的经营风险。
2.人为错误
企业内部控制有时出现问题是因为人为的错误。每个人对制度的理解是不一样的，一个人犯了错误之后，对制度会产生连锁反应。制度都是由人制订和执行的，人在制定执行这套制度的时候，很受眼界、水平和能力的限制。例如对客户进行信用调查，很少有人考虑到保险公司。如果在企业内部引入保险公司，就可以对风险进行更为规范和科学的防范和控制。
制度是人制定的，制度又是人执行的，即使很完善的制度在执行起来还是会遇到问题。例如明明是不符合规定的费用支出单据，但领导签字之后财务不敢不报，尽管财务部的业务制度非常健全，但是无法阻止人为的错误。
【案例】
有位财务部长曾被评为三八红旗手，还是五一劳动奖章获得者，在快退休的时候，手下一个小会计受男朋友的唆使，在领导报账的数据前面加了一个1，改了一下票。后来男女方分手的时候事情被抖露出来，结果这位老部长伤心地哭了三天三夜，他一辈子的英名被这个小女孩毁了。这位部长带了这么多年的会计队伍，在全国做了很多演讲，最后竟然出现了这种问题。
点评：虽然制度存在，但是挡不住人为的失误。企业必须注意到在看似完善的制度背后有可能隐藏着的人为的犯错，以及可能由此给企业带来的破坏影响。
3.串通
本来在企业里面各部门都有很明确的分工，财务该干什么，销售该干什么，采购该干什么，仓储保管该干什么，都有规范的制度规定。尽管这样，如果部门之间串通起来，打着遵循制度的幌子，做违反规矩的勾当，这比没有制度更可怕，给企业带来的危害更大。所以企业要防范这种串通舞弊，加强会计和出纳以及部门之间的牵制意识。
4.滥用职权
老板和领导滥用职权，作为企业的总经理，要正确看待手中的权利，不要越权，否则就是对制度的践踏。践踏制度对企业的影响是非常大的，所谓上行下效，一旦滥用职权的氛围在企业中形成，就会损坏规章制度的严肃性和权威性，受到大家的质疑。所以，企业在内部控制过程当中，要严禁滥用职权，把管理者的权利进行分解和牵制。
5.修订不及时
如果企业内部控制制度的修订不及时，没有跟上环境的变化，会对整个事业有很大的影响。社会上出现过一起火车撞人事件，按照铁路系统的相关制度，死者家属只能获得几百块钱的赔款，因为这个制度还是上世纪70年代的时候制定的，显然已经不符合当下的实际状况。
所以，制度要跟上环境的变化，及时做出修订改正。如果制度不更新改进，就达不到预期的效果。而财务部门作为企业内部控制的关键部门，更要管好自己的业务，做到与时俱进。
6.非经常事项的不适用性
企业内部控制的时候要对非经常性事项进行分析。因为不是经常发生的业务，企业很有可能疏于管理和控制，问题一旦发生就带来一种恶果。所以企业需要针对不经常发生的事项做好应急措施。
有个企业集团开内部控制研讨工作会议，发的资料背面写着“火警逃生指南”，倒数第二页写着“食物中毒的紧急预案处理”，而且企业以后所有的培训手册和会议手册里都要印这两页。这两句话很好地体现了企业的警觉性，把不经常性发生的事情当做经常性发生来处理，随时做好应对非正常事项发生所带来的风险的准备。但是这样做的另一个结果是大量地增大成本和演练费用的支出。因此，企业要在效益和成本支出两方面进行权衡，对这种不适应性的事项做好相应的处理工作。
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